A la crisis del club hay que añadir la desaparición de la rivalidad deportiva directa con el eterno rival, el Real Mallorca. Ambos equipos oscilaban entre jugar en la misma división o con una categoría de diferencia, que a veces podían ser dos cuando el Real Mallorca conseguía ascender a Primera División desde la temporada 1959-60. Los mallorquinistas sufrieron una crisis similar en los años 1970 que los hizo caer hasta la Tercera División, igualándose temporalmente las fuerzas entre ambos clubes. Se consiguió recuperar la Tercera División en la temporada 1974-75, pero los resultados continuaron siendo mediocres. Pero la temporada 2004-05 fue la del hundimiento total del club. A todos los fichajes hay que añadir el gran fichaje de esta temporada del Granada, el centrocampista ofensivo Rubén Rochina que se encontraba en el Blackburn Rovers. 2010 Cuarta y última temporada consecutiva del Almería en Primera División, ya que el equipo descendió a Segunda, ocupando la posición de colista. Con el equipo nuevamente en Tercera División (que de hecho era una cuarta división, como se ha dicho) se continuaron sucediendo unos resultados deportivos decepcionantes hasta que se consumó un nuevo descenso a Regional Preferente en la temporada 1980-81. El club se hallaba en una ‘quinta categoría’, y nunca había estado en un estadio tan bajo.
A pesar de todo, la dinámica positiva del club era imparable y en la temporada 1960-61 fue campeón de Tercera División. Después de un par de temporadas flojas en Tercera División el equipo regresó a los primeros puestos: fue campeón de liga en la temporada 1955-56 y jugó la promoción de ascenso en 1956, 1957 y 1958. Pero no logró subir de categoría. Después de clasificaciones muy irregulares, en la temporada 1950-51 el club fue campeón de Tercera División. Para la temporada 1977-78 se creó una nova categoría, la Segunda División B. Fruto de la obligada reestructuración de la Tercera División (subieron hasta once equipos), real madrid camisetas el Atlético Baleares logró de rebote un ascenso más administrativo que deportivo. El Atlético Baleares se mantuvo durante dos temporadas (1951-52 y 1952-53), hasta que volvió a descender. ↑ Una vez finalizado el campeonato, el 20 de junio de 1980, el Comité de Competición de la Real Federación Española de Fútbol declaró nulo el partido de la 31ª jornada entre el CD Málaga y la UD Salamanca (0-3), por considerar que había sido amañado, y sancionó al club salmantino con la deducción de dos puntos. Al año siguiente, y debido al ya mencionado campeonato de Copa logrado en 1961, volvió a disputar la competición que en su segunda edición fue a todos los efectos organizada ya por el máximo organismo europeo de fútbol.
Las crónicas de la época cuentan la admiración de las gentes, cuando vieron entrar por Madrid los carretones que conducían las jambas y el dintel de la puerta tirados por veintiocho pares de bueyes. Aquella época fue una de las más oscuras de la historia del Club a todos los niveles, ya que la entidad estuvo a punto de desaparecer. La inestabilidad institucional se agravaba: las relaciones entre la entidad y la Junta de la comunidad de copropietarios del estadio (Procampo), en manos del expresidente Jeroni Petro, iban a peor y provocaron que el club perdiese los ingresos de la publicidad estática del campo. 11 de septiembre de 2006: Aragón Televisión pasa a emitir finalmente durante las 24 horas del día. La repoblación cristiana, proveniente sobre todo de Jaén, Granada, Castilla-La Mancha, Levante y Aragón es insuficiente y no logra repuntar la demografía de la ciudad ni la provincia. Con el Ayuntamiento de la ciudad tampoco se hallaba ninguna solución para rehabilitar las instalaciones del Estadio. De ahí que las temporadas 2002-03 y 2003-04 fueran mediocres deportivamente. Esto causó problemas añadidos logísticos, económicos y de desplazamiento que posiblemente frenaron el despegue deportivo del nuevo club.
Los problemas extradeportivos, siempre latentes en la entidad, acabaron por afectar su rendimiento. Por un lado, el Atlético Baleares siempre hacía un buen papel en la Tercera División. El Atlético Baleares se mantuvo en Segunda en las temporadas 1961-62 y 1962-63, y en esta última descendió a Tercera División. Ni siquiera cuando el Atlético Baleares rozaba el ascenso directo a Segunda División A la recaudación en taquilla era mínimamente ilusionante. Entonces la Tercera División balear tenía un nivel inferior en relación con otros grupos y el Atlético Baleares no fue una excepción. El resultado fue fulminante: en aquella temporada el equipo acabó colista y volvía a la Tercera División, en la que nuevamente consiguió clasificaciones muy pobres. Entre las temporadas 1990-91 y 2001-02 el equipo se clasificó entre los cuatro primeros (excepto en la 1992-93) para jugar la fase de ascenso a Segunda B. Incluso fue campeón de liga en cuatro ocasiones, tres de ellas consecutivas (1998, 2000, 2001 y 2002). También el primer equipo juvenil consiguió, en la temporada 2001-02, ascender a la División de Honor por primera vez en su historia. Las idas y venidas de directivos y jugadores eran constantes. Los jugadores no cobraban, y frecuentemente no se tenían suficientes para completar las convocatorias.